藍藻是對藍藻門植物的籠統叫法，包括色球藻和藻殖段兩綱。藍藻是一種原始、古老的植物，除了含葉綠素a(不含葉綠素b)、葉黃素和胡蘿卜素外，還含有藻膽素(藻紅素、藻藍素和別藻藍素)。

因藻藍素含量較大，因此細胞大多呈藍綠色，故藍藻又稱藍綠藻；又因為大多數藍藻的細胞壁外面有膠質衣，有人也稱藍藻為“粘藻”。如太湖暴發藍藻，水體黏稠、發臭，就與這藍藻的膠質衣有關。

藍藻在地球上生存了33億～35億年，目前，已知藍藻有1500多種，分布十分廣泛，遍及世界各地，但主要為淡水種類。除少數藍藻能夠生活在60℃～85℃的溫泉中外，大部分藍藻生存的溫度在30℃～40℃之間。

不過，僅溫度適宜并不會造成藍藻暴發，水體中存在大量氮、磷等營養物質，且水體不流動，再加上適宜的溫度，是造成藍藻暴發的主要原因。

藍藻暴發時，會在水面形成一層藍綠色帶腥臭味的浮沫，被稱為“水華”，也有人稱為“綠潮”（以區別海洋發生以褐藻為主的“赤潮”）。“水華”的出現，會加劇水質惡化，對魚類等水生動物，以及人、畜均有較大危害，嚴重時會造成魚類缺氧死亡。

更為嚴重的是，藍藻中有些種類（如微囊藻）還會產生毒素，大約50%的“綠潮”中含有毒素，是肝癌的重要誘因。這種毒素非常耐熱，不易被沸水分解，飲用被藍藻毒素污染的水源對人體健康極為不利。

第一，生物防治法。

藍藻是淡水魚類的食物，花鰱或白鰱每增長1公斤體重就能“消滅”40～50公斤藍藻，因此可以通過投放此類魚苗治理藻類，防止藻類暴發。從放魚苗到捕撈上岸，一條鰱魚一共能吃掉60公斤左右的藍藻。有人測算，向太湖投入價值1億元、大約2.8億尾鰱魚苗就可有效控制太湖藍藻的發生。但是如果水華污染嚴重，魚類無法生長，形不成大的種群，還是難以控制藍藻大規模暴發。

第二，生物浮床法。

利用吸附藻類的植物和其他生物控制水體中的營養物質，抑制藻類過量繁殖，從而建立生態平衡系統。在人工浮床上，用人工方法讓水上長出美人蕉、水葫蘆、旱傘草等等水生植物，既能吸收水體中的氮磷等污染因子，又可抑制藍藻生長。

第三，機械撈法。

這是最原始和傳統的辦法，即用人力連水帶藻一起撈出，在無錫水源口就是采取這個辦法。為了提高速度，也有人發明了自動金屬膜過濾器，在動力船緩慢行駛過程中，通過金屬膜不停轉動，把所有藍藻都打撈上船，打撈速度是人工的上千倍，在打撈過程中，增加了絮凝、沉降、氣浮、推流、收藻等多功能。優點是打撈徹底，缺點是對于大面積藍藻治理仍難奏效。

第四、化學法。

第五、微生物菌除藻。

將活性污泥中的有益菌種進行菌群篩選、分離出來，噴霧干燥后獲得高密度菌粉，再通過工廠化大規模生產，附著到專利填料上，形成高效處理系統。在上海的試驗顯示：河道治理前水體呈暗黑色，水體富營養化現象嚴重，沒有水生動植物生長。經過12 天治理，治理段水質明顯改善，水體清澈無異味。

第六、高強磁滅藻。

即應用高強度磁場殺藻。有人發現，在磁場強度為3700高斯的高強磁水處理器的作用下，水體中藻類數量由50萬個/mL降到5萬個/mL，藍藻基本消除；水體溶氧量和透明度分別由原來的2.40mg/L、1000px提高到7.20mg/L、1875px，水體質量明顯改善。這個方法的缺陷是成本高，不能對大范圍藍藻進行處理。

第七、工程疏浚法。

即引入活水，如長江水，利用大水量將藍藻連同發臭的湖水沖進海洋。特點是能夠對大面積藍藻進行治理，缺點是沒有從根本上治理，是將污染轉移到別的地方。不宜大規模提倡。