濟寧市是南水北調東線工程的重點區域，為防治區域水污染，濟寧市委、市政府不斷完善“治用保”防控體系，轄區南四湖水質實現了由劣Ⅴ類向Ⅲ類水的躍升，躋身全國14個水質良好湖泊行列。

濟寧市委、市政府把水污染防治工作列入決策目標、執行責任、考核監督“三個體系”建設重要內容，成立了由市委書記和市長共同任組長的水污染防治工作領導小組，部門聯動、合力攻堅。各縣（市、區）也都成立了相應的水污染防治專門機構，在鄉鎮設立環保辦公室、村居設立環保監督員，建立“縱到底、橫到邊”的四級組織保障體系，推進各項工作措施落實。

以河流斷面達標為重點，全面推行“河長”制，明確“河長”是所包干河道、河段綜合治理第一責任人。全面實施網格化管理制度，把全市劃分為一級網格1個、二級網格14個、三級網格166個，逐步實現河流湖泊保護精準化管理。對重點治污工程和考核斷面水質實行周調度、月通報，對月度監測結果超標的，實行掛牌督辦、區域限批，嚴格兌現獎懲和責任追究。

立足產業結構偏重的實際情況，濟寧市探索出優化產業結構、拉長治污工程鏈條、加嚴治理體系、保護修復生態等新的治理模式，實現從分散治污向系統治污、從側重城市向城鄉統籌、從滿足達標治理到水生態建設的“三個轉變”，建立了全流域、全過程、全覆蓋具有北方河湖特點的深度治污體系。

濟寧市不斷加嚴標準倒逼治污，在工業企業達標排放的基礎上，3次提高治理標準。南水北調重點保護區內的工業企業，全部按照COD濃度低于50毫克/升、氨氮濃度低于5毫克/升的標準治理。煤礦、電力、機械制造和商品漿造紙四大主導產業外排廢水全部達到接納水體的水環境質量標準。大力度推行再生水資源利用，全市污水處理廠形成中水回用能力57.7萬噸/日。全面修復流域生態，全市建成和修復人工濕地46處、總面積達25萬畝。

為打造流域環境安全大屏障，濟寧市圍繞預防、預警和應急三大環節，認真落實風險評估、隱患排查、事故預警、應急處置4項工作機制，構建企業、污水處理廠、園區、縣界、入湖口五級攔截防控系統，層層設防，建立全方位環境安全防控體系。堅持日常執法監管與環保專項行動、邊界聯動與公檢法聯動、屬地管理與網格化執法相結合，始終保持對違法排污行為的高壓態勢，確保全市水環境安全。