在南京地理與湖泊研究所早期的湖泊摸底中，研究人員發(fā)現(xiàn)，受氣候等因素影響，中國(guó)西部和北方地區(qū)湖泊總體呈萎縮消亡態(tài)勢(shì)且水質(zhì)咸化、堿化十分嚴(yán)重；而東部地區(qū)，特別是長(zhǎng)江中下游地區(qū)，入湖污染物引起的湖泊水環(huán)境惡化現(xiàn)象嚴(yán)重。

2007年，太湖爆發(fā)了藍(lán)藻水華事件。水華事件的發(fā)生不僅使公眾飲用水受到污染，更是對(duì)湖泊生物造成了嚴(yán)重影響。經(jīng)過(guò)長(zhǎng)時(shí)間研究，研究所初步揭示了太湖藍(lán)藻水華形成過(guò)程。這為藍(lán)藻水華防控、預(yù)警奠定了基礎(chǔ)。此外，中國(guó)對(duì)于水華治理取得初步成功，也吸引了韓國(guó)、美國(guó)等國(guó)專家前來(lái)交流。截至目前，太湖尚未再次發(fā)生大面積水華事件，但中科院太湖湖泊生態(tài)系統(tǒng)研究站秦伯強(qiáng)坦言，太湖藍(lán)藻問(wèn)題目前還無(wú)法根治。同時(shí)，他也表示，盡管在控源截污上做出了不少努力，但面對(duì)農(nóng)村分散的面源污染，藻類回收仍是難題。藻類干化、如何產(chǎn)生經(jīng)濟(jì)效益等問(wèn)題還需要進(jìn)一步突破瓶頸：“控源截污我們做了很多工作，但我們還面臨的我們做了很多農(nóng)村面源污染，分散的污染很難處理，現(xiàn)在這個(gè)量很大，所以生態(tài)系統(tǒng)很難在短時(shí)間內(nèi)很快恢復(fù)。藍(lán)藻水華預(yù)計(jì)還會(huì)爆發(fā)，但打撈是沒(méi)有辦法的辦法，但我們還是鼓勵(lì)，畢竟把氮、磷污染物取出來(lái)了。現(xiàn)在還面臨就是怎么處置問(wèn)題，現(xiàn)在的技術(shù)瓶頸就是干化，干化后做肥料、可降解添加物也好都可以處理。特別是還要把成本降下來(lái)，只要是經(jīng)濟(jì)上有利可圖的時(shí)候才成為資源化，但現(xiàn)在還需要研究。”

眾所周知，長(zhǎng)江中下游是“魚米之鄉(xiāng)”。人口稠密，經(jīng)濟(jì)發(fā)展快，對(duì)水體的污染也比較嚴(yán)重。朱廣偉指出，水污染治理要靠政府、企業(yè)和老百姓共同努力。他還表示，政府可以細(xì)化排污標(biāo)準(zhǔn)，從而推動(dòng)生態(tài)修復(fù)的進(jìn)一步加快，“在一些國(guó)家，比如日本的琵琶湖，它要求盡可能提高標(biāo)準(zhǔn)、盡可能嚴(yán)格。對(duì)重要水體要大大嚴(yán)于國(guó)標(biāo)。我們過(guò)去有種誤解，認(rèn)為達(dá)到國(guó)標(biāo)了剩下的出了問(wèn)題就是政府沒(méi)管好。但是國(guó)標(biāo)實(shí)際上是最低標(biāo)準(zhǔn)，國(guó)標(biāo)就是在這個(gè)地方能實(shí)現(xiàn)，在貴州、新疆也能實(shí)現(xiàn)。就要設(shè)置地方標(biāo)準(zhǔn)，而且要嚴(yán)于國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)。在琵琶湖流域的污水排放標(biāo)準(zhǔn)比國(guó)標(biāo)嚴(yán)10倍。像美國(guó)在第一批治湖的時(shí)候，要求排放的磷幾乎測(cè)不出來(lái)。”