清潩河流域除天然降水外，無生態徑流，天然徑流匱乏，入河水源主要由城鎮生活污水、工業廢水構成。主要監測斷面顯示水質為劣Ⅴ類。

由于清潩河沿岸水土流失，生活類污染物及由點源超標排放的懸浮物入河并在河道內沉降、富集，導致河道內大量污染物形成淤泥淤積，而淤積污泥作為內源不僅會向水體不斷釋放污染物，加劇水質污染，還會使河床底部嚴重厭氧化，從而導致底棲生物死亡，河床發黑發臭，河道水生態系統破壞，水體自凈能力喪失。

此外，清潩河干流上橡膠壩的修建使得水流速度變慢，壩前污泥淤積嚴重，其厭氧腐化過程所產生的氣體聚集到一定程度，則將淤積層成片掀起，在橡膠壩阻擋區形成壩區淤泥上浮現象，并將水質攪渾，導致水質嚴重惡化。因此，要徹底改善清潩河水體質量，除了嚴控點源及面源的排放外，還需對河道內源進行綜合整治，采取清淤、原位修復等措施重建河道生態系統，恢復河流自凈能力。

由于缺乏合理的垃圾處置場所及有效的監督管理機制，清潩河城區段上游城鄉結合部及農村部分地區向河道傾倒垃圾問題突出，導致清潩河沿岸存在無組織傾倒和堆存的垃圾，這些垃圾會隨降水的地表徑流排入河內，造成水體污染。此外，河岸植被無序，雜草叢生，由岸至水的生物結構尚未形成科學合理的系統，物種間關聯性不強，無法對排入河道內的污水起到預凈化作用，且河岸環境景觀也較差。

加大產業結構調整力度，積極推進流域產業結構調整升級，按照控制規模、逐步減產、完全退出“三步走”的原則，制訂出淘汰清潩河流域重污染行業的實施方案，逐步淘汰落后產能。同時，鼓勵發展無污染、節水和資源綜合利用的項目。

加快推進城鎮污水處理廠配套管網和城鎮污水處理廠等市政基礎設施建設工程。對分區開發不銜接、排污設施不配套形成的市政污水排放口，通過加快完善區域污水管網建設，實現污水管網有效銜接和覆蓋。

推進雨污分流和現有合流管網系統改造。加強雨水口的綜合整治力度，在查清雨污混流排水口污水來源的基礎上，對因排污管網不完善造成雨污混流的，加快完善管網建設，實施雨污分流改造。

清理河道水面漂浮物和沿岸垃圾，清除河道內排污口、水閘等附屬設施周邊區域的廢物、堆積物，徹底消除影響水環境的各種污染物，改善清潩河沿岸的景觀面貌; 加強對河道日常巡視和管理，保持河面無垃圾漂浮物，沿岸垃圾及時收運，實現河面無漂浮物、河岸無垃圾;認真履行河道整治執法職責，依法依規拆除影響城市行洪、截污治污、河道景觀改造的違法違章建設，完善河道環境衛生長效管理機制。

加強清潩河流域生態建設和保護。在清潩河流域有條件的地區，因地制宜地建設人工濕地或生物浮床等生態工程，有選擇地種植水生、陸生植物，一方面打造河道生態景觀，提高水環境承載力，同時能夠對入河污水起到深度凈化的作用，進一步削減入河污染負荷。

加強重點污染源監管，針對清潩河流域的重點污染源按照“一企一檔”的原則建立規范的動態監管檔案; 加強對重點污染源在線監測設備運行狀況的監督與檢查，同時開展定期和不定期的監督性監測，一旦發現超標，立即停產并限期整改。