為解決長期以來的南明河污染以及城市防洪等問題，貴陽市政府進行了一系列南明河綜合整治改造工程。

2001年，貴陽市政府制定了關于南明河水環境綜合整治的“三年變清南明河”工程，包括對南明河進行截污溝改造、河道清淤、排水大溝出口改造等相關整治工程。

至2004年，南明河初次實現“水變清、岸變綠、景變美”目的。

2007年5月，按照貴陽市人大常委會要求，南明河啟動新一輪整治工程規劃，包括雨污分流規劃和建筑方案設計等，并注重解決水流量和污水處理能力問題。

2012年11月，貴州省政府對南明河再次進行大規模河床淤泥清理工程，涵蓋完善廢水收集處理系統、河道內源污染控制，河道面源污染控制措施等整治工作。

2013年3月，南明河水環境綜合整治工程指揮部向媒體發布信息開啟南明河翻板壩改造、支流整體治理、防滲襯墻澆筑、上游清淤等涉水工程。

經過多年一系列大規模南明河整治工程短期內取得一定效果，提高了南明河源污染控制和城市防洪、泄洪能力以及節約了土地資源來建設城市河濱商圈。

但是南明河整治以水利工程治河為主，也存在著諸多問題:工程量大、耗資巨大、效果并未凸顯，且陷入幾乎每年都要定期清淤等整治工程的惡性循環。

南明河生態化，是貴陽市實現全國生態文明示范城市建設的重要標志之一。南明河整治工程應該堅持城市河流可持續發展思想，回歸生態治污、治河，取得長效生態效益，建設南明河生態河道。

(1) 保持南明河河床內生境生態化

南明河屬河流－河道(市區段)－河流型河流，在貴陽市的主要河道河水流速緩慢，加之受城市發展影響已造成水體富營養化而缺氧現象。

應避免河床過渡固化，阻隔了河床內生態系統各要素(底泥－生物－水－空氣)之間交換與平衡，嚴重影響了河床內水生生物(包括微生物、無脊椎動物及魚類等) 生態鏈正常運轉。

(2) 塑造南明河河岸帶生境景觀

河岸帶是河流水體與陸地的生態緩沖地帶，對維持河流生物多樣性和生態平衡等具有多重作用。

南明河河岸帶多固化成為了生活和商業區，植被等覆蓋較少，這也是造成南明河污染和洪災的關鍵原因。

因為植被根系可提高河岸表層強度與穩定性，并對進入水體的污染物過濾、滲透和沉積等過程而減少污染物毒性與污染程度，堤岸固化后使城市污水直接流入河道而缺少河岸植被過濾等作用。塑造南明河河岸帶生境景觀是實現南明河生態治理的關鍵。

(1) 豐富南明河河道形態

根據生態學理論，自然彎曲的河流常可以減少水土流失，擴大生境面積和多樣性，具備更高的生態效益。城市河流經過人工改造直線化，僵硬筆直的河槽讓其成為城市排污納垢的“下水管道”。

南明河因城市建設和人工改造工程后改變了原有接近自然的流路，其生境多樣性遭破壞而變得單一。應按照城市區域功能劃分和因河制宜，豐富南明河河灘和彎道，打通斷頭浜，消滅斷頭河，清除各類違章圍堰、堤壩等檔水建筑，拓寬束水段，理順河網水系等，恢復南明河自然屬性和生境多樣化。

(2) 修復南明河河床斷面

城市河流集防洪與生態功能等于一體。城市河流改造往往過多考慮其防洪和泄洪功能，河床多被水泥鋼筋混凝土硬化，阻隔了河流底泥與水之間動態交換，大大降低其生態功能，逐漸失去了生命活力。

南明河市區段兩岸多是生活和商業區，河床多固化，這利于城市排洪，卻對河床生態造成諸多不利影響，需要對其河床進行生態修復。

如在市政工程防護(如金屬絲網等)基礎上嘗試利用發達根系植物或植被網固土造生態堤岸護坡，既固土又綠化造景;另外，效仿山體公路護坡，打造多孔混凝土－表層土－植被型生態護坡，實現抗雨水沖刷的混凝土護坡與生態美化河床相統一。

(3) 建立南明河河岸帶生態系統

城市發展中，河岸帶是最容易遭受破壞的部分，據報道目前我國很多城市河流河岸帶植被不復存在或河岸破壞嚴重，退化明顯。

南明河治理工程一直積極響應貴陽市生態文明示范城市建設號召，最近兩三年河岸兩側景觀綠化程度不斷提高。

根據南明河城區段不同河段應具有不同要求，如上游建立濕地公園，如花溪濕地公園和小車河濕地公園以及保護區，源頭保護；中下游應嚴格控制垃圾、污水輸入，豐富河岸帶生態景觀，重視生境生物種群豐富、結構優化配置與河岸濕地公園建設相結合，實現防止受雨水等沖刷造成河岸水土流失與營造自然之美的城市休閑河岸生態走廊。

南明河整治要想實現其長遠可持續生態效應，須積極融入生態治理理念，且應結合貴陽市濕地公園建設和諸多環保工程，如城市雨－污水分離( 雨水排入河道，污水從專門管網進入污水處理廠) 、設置翻水壩或曝氣池增加河流溶氧量等環保措施。另外，加強貴陽市民保護母親河的環保意識教育和相關法律政策制度建設也顯得十分重要。總之，實現南明河生態化，才能真正意義上符合國家關于貴陽市生態文明示范城市建設目標。